La storia ha luogo 12,000 anni dopo la prima serie anime, in una città modellata sulla reale Hong Kong. Gli Aquarion saranno pilotati da un nuovo gruppo di piloti, per fronteggiare nemici provenienti da un’altra dimensione. Kawamori ha fatto intuire che i personaggi principali saranno reincarnazioni di Apollo, Silvia, e compagnia.
