Ash raggiunge il Palazzo di Cameron dove si sta svolgendo una festa in onore di Sir Aaron, un ragazzo che anni prima, si narra, abbia salvato la popolazione del luogo da una feroce guerra. Ash vince il torneo e diventa il "Guardiano dell'Aura" di quell'anno. Secondo la tradizione, ad Ash viene affidato il bastone che anticamente era appartenuto ad Aaron, nel quale egli aveva sigillato il suo fedele allievo, il Pokémon Lucario. A questo punto della festa però, l'aura presente in Ash evoca Lucario e lo libera dalla sua prigionia in quel bastone.
Il Pikachu di Ash viene intanto rapito da Mew, quando un'avventuriera di nome Kidd cerca di catturarlo con i suoi Weavile. Kidd riferisce ad Ash dove il suo Pikachu è stato condotto, ed egli naturalmente decide di partire alla ricerca del suo Pokémon. A Lucario viene affidato il compito di guidare Ash nel luogo dove Mew ha portato Pikachu, l'Albero delle Origini. Lucario prova rancore verso il suo vecchio padrone (ma in generale verso tutti gli uomini), non credendo a ciò che dicono le leggende, ma ritenendo invece che lo abbia abbandonato e che si sia preso un merito non suo.
Ash, nonostante alcuni battibecchi con Lucario, raggiunge l'Albero delle Origini e Pikachu, ma viene ostacolato dai guardiani dell'Albero, Regice, Registeel, Regirock e da un sistema immunitario presente nell'Albero stesso.
Ash riesce però a superare queste difficoltà con l'aiuto del suo nuovo amico Lucario e di Mew. L'organismo di questo Pokémon, tuttavia, è in simbiosi con l'Albero, e così quando il piccolo Pokémon si ammala, si infetta anche l'intero Albero.
Per salvare Mew e tutti i Pokémon che vivono nell'Albero delle Origini, Lucario decide di utilizzare il potere della sua aura. Quest'energia è però insufficiente a ridare forza a Mew, così Ash capisce che è necessario l'intervento della sua aura. Lucario tuttavia, prima di completare il processo, allontana Ash, evitando che, a causa dell'eccessivo sforzo, perda la sua anima.
Lucario perciò si sacrifica ma, in punto di morte, vede un "fiore del tempo", un fiore magico che permette di rivedere alcuni avvenimenti del passato, che gli mostra una visione di Aaron mentre si sacrifica per fermare la guerra. Un momento prima di morire (nella visione) Aaron dice che Lucario è stato il suo più intimo amico e che gli mancherà. Un momento dopo è svanito.
Lucario si rende finalmente conto che Aaron lo aveva rinchiuso nel bastone allo scopo di salvarlo dal suo stesso destino. Lucario ha donato tutta la sua aura vitale per salvare Mew e dopo aver pronunciato "Anche tu sei stato il mio migliore amico" riferito ad Aaron, si lascia morire. Il finale drammatico conclude la storia di Lucario e Sir Aaron, mentre i ragazzi proseguono il loro viaggio, dopo aver appreso un'importante lezione di fiducia, sacrificio ed amicizia.
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